2009年10月11日美國軍事上訴法院提供給媒體的一分訴狀，顯示陳水扁曾「請求」美國承認他是「美國軍政府代理人」，並飭令「現任臺灣民政首長」撤銷他的無期徒刑。 美國軍事上訴法院，用「缺乏管轄權」為由，拒絕審理陳水扁案。 自2008年11月12日首度被羈押開始，以及到後來第一個有罪判決，陳水扁都一直被關在土城看守所，直到2013年4月19日移到臺中監獄附設培德醫院。 忠信街9號成交 2008年9月25日，特偵組搜索陳水扁辦公室時，查扣44箱、1300餘件資料，其中有大批總統府內敏感文件、公文；而總統府也在99年間向特偵組告發，陳水扁卸任時帶走總統府的文件。 2008年11月11日，特偵組以國務機要費貪汙被告身份傳訊陳水扁，在五小時偵訊後，向臺北地院聲請羈押陳水扁。
看護立刻通報中監培德醫院醫護人員量測血壓、體溫、心跳等生命徵象，經檢視扁除血壓升高，身體無重大異狀。 為安撫他的情緒，中監立即聯繫臺中榮總精神科醫師林本堂在晚間十一時多前往看診，直到昨天凌晨零時多，扁情緒漸趨緩和後才離去。 2013年2月23日，臺北榮總醫師周元華表示，榮總於2012年底已提出報告給北監，認為陳水扁回到北監有困難，建議陳水扁回家，家庭支持對重度憂鬱症的治療是重要的元素。 忠信街9號成交 陳水扁與其家人有人希望轉送其他醫院檢查，不信任無法正確判斷定病情的署立桃園醫院，希望轉送其他醫院。 其中，馬偕醫院是陳水扁希望轉送的醫院之一，但是法務部宣稱馬偕醫院有高階醫療人員向北監表示，基於場所較為擁擠及其他病人權益，希望不以該院為考量」，且該院的功能性核磁共振檢查「僅供研究使用，臨床經驗尚有不足」，所以法務部表示陳水扁無法轉送馬偕醫院。
然而就在前一天 (21日)，陽明大學醫學研究所長郭正典醫師前往培德探視陳水扁，經初步檢查，發現陳水扁的病情比在臺北榮總時更糟糕，口吃愈來愈嚴重，手部抖動及雙腳無力情形亦更為糟糕，建議成立醫療團隊改善其病情。 2013年2月23日，臺北榮總醫師周元華說：經磁振造影檢查發現，陳水扁的腦部萎縮不可逆轉。 忠信街9號成交 2012年9月15日，衛生署桃園醫院檢查後，專科醫師診斷其因攝護腺肥大導致膀胱尿道出口狹窄，且膀胱神經控制較差。 經治療後陳水扁已拔除導尿管並能自行排尿，解尿困難症狀已改善。
2012年12月20日，「最高法院判處陳水扁元大併復華案判刑10年，併科罰金新臺幣1億元，禠奪公權8年」，妻子吳淑珍判刑8年，併科罰金8000萬元，褫奪公權7年。 最高法院認為前總統陳水扁其擔任總統期間仍具有總統職權，因此判決有罪確定。 另外，最高法院把二次金改案中的國泰併世華案，及扁、珍與扁家二代陳致中、黃睿靚被控洗錢罪部分撤銷，發回臺灣高等法院更審。 最高法院指出，國泰併世華案，前審判決僅推測而未說明陳水扁和國泰金控董事長蔡宏圖如何達成期約賄賂。
忠信街9號成交: 總統
美國國務院則於1月30日在簡報中，主動針對陳水扁的新春談話發表聲明，重申美國對臺政策「一個中國，臺灣關係法和三項公報」，反對任何片面改變現狀的舉動，並表示「廢除國統綱領和國統會」如同北京的反分裂國家法也是單方面地改變現狀。 ），為中華民國臺南官田出身的政治人物、海商法律師，目前為民主進步黨籍。 生於中華民國臺灣省臺南縣官田鄉西庄村（今臺南市官田區東西庄里），第十、十一任中華民國總統（2000年－2008年）。 歷任民主進步黨主席、臺北市議會議員、立法委員、臺北市市長與民進黨籍的中華民國總統等職。 忠信街9號成交 陳水扁在2020年1月12日因支持的一邊一國行動黨政黨票失利而宣布退出政壇。 李敖李大師論臺北市市長候選人 （頁面存檔備份，存於網際網路檔案館） 壹電視李敖拿出陳水扁當年加入中國國民黨的資料證明，上頭注記(黨證 證號字158517號)，時間是民國59年12月4日。 1999年陳水扁出訪外國進行「學習之旅」，並出版《臺灣之子》自傳書為其參選2000年總統大選鋪路。
設立「總統府人權諮詢委員會」，著重「人權入憲」與「人權修法」。 制定通過《法律扶助法》、《兩性工作平等法》與《原住民族工作權保障法》等法律。 進行一次修憲，國民大會改制，使立法院成為唯一的國會，席次減半，並改為單一選區兩票制。 自1991年開始動工的雪山隧道歷時15年後在其任內（2006年6月）通車。
忠信街9號成交: 陳水扁、吳淑珍目前暫停審判的案子
為取代「西進政策」，陳水扁亦提出「南向」政策，並鼓勵臺商到東南亞投資。 在2006年的元旦演講中，陳水扁提出用「積極管理，有效開放」的中國大陸經貿政策來取代以前的「積極開放，有效管理」，國親抨擊這是「鎖國政策」讓臺灣的經濟快速衰退。 陳水扁在外交政策方面，積極與中國大陸打邦交國爭奪戰，中華民國的邦交國的數量從陳水扁上臺時的31個，減少為卸任時的25個。 陳水扁執政末期，以金援外交維持邦交國，這種以國安為名機密預算的運用產生諸多弊端，在中美洲因引發多名友邦總統收受臺灣非法獻金的調查案。 也爆發有關金援友邦的「巴紐案」，導致外交部長黃志芳下臺，及副閣揆邱義仁接受司法調查，並遭到檢方收押。
大學時代陸續申請到水泥公司、農會、中國佛教協會、獅子會臺灣分會、國民黨等各種獎助學金。 1963年，考入曾文中學初中部，初二時（1965年11月）代表臺南縣參加臺灣省全省作文比賽，獲得初中組第二名。 1966年，國中畢業後，免試直升曾文中學高中部，但一年後即因「省辦高中、縣辦國中」政策，曾文中學高中部停辦，於1967年9月轉學至省立臺南第一高級中學（今國立臺南第一高級中學）。 忠信街9號成交 《經濟通》所刊的署名及／或不署名文章，相關內容屬作者個人意見，並不代表《經濟通》立場，《經濟通》所扮演的角色是提供一個自由言論平台。 2016年12月24日，女兒陳幸妤在臺南籌設的牙醫診所開幕，陳水扁在中監的同意下（只能致詞、不得演說、不得評論政治），入監八年首次發表公開言論，並且讓女兒治療以及保養牙齒。
對於處理陳水扁案之態度，2014年10月新頭殼報導，臺灣太平洋發展協會理事長游盈隆聲稱民調顯示：63.7%贊成讓陳水扁居家療養，23.0%反對。 關於政府反對讓陳水扁保外就醫或居家療養，20.6%認為適當，59.7%認為不適當。 2012年10月5日，臺北榮總表示，經腦部磁振造影檢查，發現數個非特異性皮質下白質高訊號點，經各院專家會診，認為不像中風之病灶，與此相關之可能診斷依次為高血壓併微小血管病變、重度憂鬱症、睡眠呼吸中止症、老化，以及老人痴呆等。 陳水扁有結巴性語言障礙合併命名障礙，疑似精神性疾患或是退化性腦病變所導致。 2012年10月4日，臺北榮總發布新聞稿表示，陳水扁有「重度憂鬱症合併焦慮及多重身體化症狀」，且已呈現慢性化。
- 在2006年的元旦演講中，陳水扁提出用「積極管理，有效開放」的中國大陸經貿政策來取代以前的「積極開放，有效管理」，國親抨擊這是「鎖國政策」讓臺灣的經濟快速衰退。
- [來源請求]陳水扁、吳淑珍因此案各被判刑8年，併科罰金500萬元，同案涉及洗錢的部分，珍判1年2個月，減刑為7個月。
- 2016年2月4日法務部矯正署再依監獄行刑法核准延長保外就醫至2016年5月4日。
- 2012年10月3日，臺北榮總院長林芳郁在立法院表示，陳水扁患有「睡眠呼吸中止症」與「被迫害妄想症」。
- 扁入看守所後，法務部讓陳水扁在獄中以事前通過所方審查方式，在《臺灣時報》與《壹週刊》固定投稿，臺灣時報專欄壹週刊專欄。
- 最後法務部於9月21日將陳水扁由署立桃園醫院轉送臺北榮總診治。
陳水扁在市長敗選談話中向支持者說：「對進步團隊的無情，是偉大城市的象徵。」（引用並改寫自英國首相邱吉爾）。 1985年9月28日，陳水扁辭去臺北市議員職務，回故鄉臺南代表黨外人士競選臺南縣縣長。 激烈的競選期間因腹痛而宣稱被當權的國民黨下毒，並吊著點滴躺在擔架上於政見發表會場發表演說，最終以約1萬票的差距敗於國民黨籍參選人李雅樵。 忠信街9號成交 敗選翌日，妻子吳淑珍在陪同謝票的行程中遭張榮財所駕駛的拼裝車撞傷，導致下半身永久癱瘓，胸部以下喪失知覺。
扁入看守所後，法務部讓陳水扁在獄中以事前通過所方審查方式，在《臺灣時報》與《壹週刊》固定投稿，臺灣時報專欄壹週刊專欄。 臺灣團結聯盟於2006年直接挑定100個社團對陳水扁政府進行評比（非正規統計學之隨機抽樣普遍性民調），在回收的69份評比中，扁政府施政滿意度僅剩5.8%，整體評分為不及格的57.5分。 忠信街9號成交 2004年3月19日，陳水扁與其競選搭檔呂秀蓮於臺南市車隊造勢遊行掃街途中，發生槍擊案，陳總統受到肚皮擦傷，而呂副總統則是膝蓋受到槍擊。 三一九槍擊案曾請國際知名鑑識專家李昌鈺博士自美來臺進行鑑識，推論為一人一槍所犯，隨後的偵查依此脈絡進行。
2日晚間九時許，陳水扁到舍房浴室洗澡，避開浴室監視器，以三條毛巾綁在一起，一頭懸掛在高度約六十四公分的水龍頭。 他則坐在地上、斜躺雙手交叉扯毛巾勒頸企圖尋短，但因他發出乾嘔的聲響，引起看護注意，立刻入內將他救下。 「總統，你為什麼想不開？」看護問他，扁虛弱無力的回答，「喝花酒都可以除罪，為什麼當總統以國務機要費拚外交不能除罪？」才會想以毛巾自殺，表達心中的強烈不滿。
2019年11月20日，陳水扁受邀名列一邊一國行動黨2020年立法委員選舉不分區立委提名名單之列，但在12月13日，中央選舉委員會以「公職人員選舉罷免法」第26條規定為由認定陳水扁不符合參選資格。 2020年1月12日，由於一邊一國行動黨政黨票得票率未超過5%，陳水扁宣布退出政壇。 北榮郭正典醫師聲稱，移監前一晚，陳水扁聽聞將移監消息，企圖上吊自殺，被看護發現，救回一命。 高雄長庚醫院榮譽副院長陳順勝說他於22日當天下午探視阿扁時，確實發現扁右側脖子有一道呈紅色的痕跡，矯正署否認陳水扁曾有自殺舉動。
2002年，游錫堃初任閣揆時，自許全體閣員應向蔣經國內閣看齊，並積極完成已經動工數年的建設（如臺灣高鐵（1990年行政院核定，自1999年開始興建）、北宜雪山隧道（自1991年開始動工）、西部各縣橫向的快速公路），自詡為「戰鬥內閣」。 1984年，陳水扁擔任由黃信介等人創辦的蓬萊島雜誌社社長，雜誌社的宗旨是「爭取百分之百的言論自由」。 忠信街9號成交 1973年，大三時，陳水扁考中律師高考（該年1459人報考，錄取10名），1974年6月畢業，因在大學時已參加兩個月的成功嶺大專生集訓，但後來在體位正式檢查前發現陳水扁天生的右手手肘外彎過大，免服兵役。
忠信街9號成交: 立法委員時期
最後法務部於9月21日將陳水扁由署立桃園醫院轉送臺北榮總診治。 立法委員賴士葆在TVBS政論節目「新聞夜總會」稱「前總統陳水扁無法排尿時，法務部長曾勇夫下令為陳水扁灌水，再監視陳水扁排尿，等發現陳水扁的確無法排尿，再將陳水扁送醫」。 陳敏薰人事案：2010年11月11日，陳敏薰人事案三審定讞，法院認定陳水扁夫婦收受前101董事長陳敏薰一千萬賄款，協助她爭取大華證券董座，最後因林全、辜仲瑩等人拒絕配合，以臺北101董座交差。 忠信街9號成交 [來源請求]陳水扁、吳淑珍因此案各被判刑8年，併科罰金500萬元，同案涉及洗錢的部分，珍判1年2個月，減刑為7個月。 2010年11月11日，龍潭購地案三審定讞，法院認定陳水扁夫婦收受臺泥辜家3億、使政府花76億購買龍潭100公頃土地並納入科學園區。 [來源請求]陳水扁及吳淑珍各判11年徒刑，併科1.5億元罰金。 (99年臺上字第7078號，審判長：謝俊雄)，另根據卸任總統副總統禮遇條例規定，禮遇全數撤除。
作為臺北市長，陳水扁在四年市長任內的政績包括：持續改善市容街景、臺北捷運完工通車（宣示「一年通一條」）；鐵腕實施「首都掃黃、大掃黑」等，落實市內治安（加強電子遊樂場所稽查）、公務員制度革新、拆除違章建築等。 1981年，陳水扁參選臺北市議員，初試啼聲即以第二選區最高票當選，超越後來的市長競爭對手趙少康。 同年12月25日，陳水扁正式就任生平的第一個公職–臺北市議會議員。 YouTube上的春天的花蕊-詹宏達＆潘麗麗-陳水扁首次競選臺北市長主題曲 1994，演唱者詹宏達＆潘麗麗，發行商滾石唱片 ROCK RECORDS，散發者：一些支持陳水扁的扁迷及其支持者，最小的有到國中生都琅琅上口。
3月20日，選舉開票結果出爐，陳呂配以0.228%之差險勝連宋，藍營人士認為槍擊案影響該陣營選情，使陳水扁連任成功。 期間，以親民黨籍立法委員邱毅為首的多位立委以宣傳車衝撞地檢署，造成多名員警遭到撞傷；國民黨主席連戰並在落選的群眾講話上疾呼，提出選舉無效及當選無效之訴。 最終，司法體系的臺灣高等法院於2004年11月4日下午4時2分正式宣判，駁回「陳水扁當選無效之訴」，連戰敗訴定讞。 2004年3月20日舉行的中華民國第11任總統、副總統選舉，民進黨的陳呂配競選連任，並以「相信臺灣，堅持改革」（主題曲：相信臺灣）為國家政見主軸；而泛藍的國民黨與親民黨組成國親聯盟則於2003年2月14日確定由連宋搭配。 忠信街9號成交 當時的國民黨主席連戰正與總統陳水扁會談（媒體稱「扁連會」），會中連戰試圖說服陳水扁續建核四；但扁連會結束一小時後，行政院馬上宣佈停建，導致國民黨籍與親民黨籍立法委員提案罷免總統。 2001年1月15日，司法院大法官作出釋字第520號解釋文，要求行政院若欲變更國家重要政策，停止預算執行，則須向立法院報告，並獲立法院決議後始得停止執行。 1998年臺北市長選舉落敗之後，同年底入總統府晉見總統李登輝（時為國民黨主席），李登輝公開推薦一篇《從摩西到約書亞》的文章給陳水扁，引發輿論對「誰是李登輝的約書亞」的廣泛討論。
陳水扁家屬與支持群眾堅稱其有阻塞性腦中風、口齒不清等問題，2012年9月12日再次送往署立桃園醫院檢查，結果無異常情況，也看不出口吃問題。 高等法院認為，科管局無法證明4億元被算進購地成本，且無法證明受到損失、詐騙、脅迫，所以判決科管局敗訴。 除了臺灣媒體關注的孔傑榮，多位海外熟悉臺灣事務的重量級專家學者皆表達對臺灣司法體系相當的憂慮，但未如孔傑榮一般直接對審判內容做評價。 忠信街9號成交 2007年3月4日，陳水扁在出席臺灣人公共事務會晚宴時，發表「四要一沒有」，即「臺灣要獨立、臺灣要正名、臺灣要新憲、臺灣要發展；沒有所謂的左右路線問題、只有獨統問題」。
忠信街9號成交: 臺北榮總檢查醫治
陳水扁辦公室則聲明，公文都是於前總統任內合法取得、持有的，法律無明文規定國家元首於卸任後，必須繳回此類公文、文書。 且卸任總統辦公室隸屬總統府，為公務機關，可合法持有相關卸任總統於任內合法持有之公文書。 高捷弊案2005年中，爆發高雄捷運弊案，民進黨在三合一選舉大敗，失去執政十六年的臺北縣、執政二十四年的宜蘭縣、黨外執政二十多年的嘉義市等地方執政權。 忠信街9號成交 民進黨主席蘇貞昌首先辭職下臺，而行政院長謝長廷也在稍後向總統陳水扁請辭，事後高捷案判決無罪。 卸任總統後由於涉及龍潭購地案而被判刑20年，三審定讞發監執行，2015年1月5日核准暫時出獄，保外就醫至今。
2011年8月26日，臺灣高等法院更一審改判處陳水扁有期徒刑2年8月，併科300萬元罰金，國務費貪污部份改判無罪。 陳水扁在2008年卸任後，受多項司法起訴，8月15日，因涉及將選舉款項匯至國外及洗錢等罪，自行聲明退出民進黨。 2008年1月12日，2008年立法委員選舉前，民進黨喊出穩定泛綠基本盤，放眼國會五十席的口號，但選舉結果民進黨遭受創黨以來最大的慘敗，在不分區與區域立委所獲得的總席次僅27席，身兼民進黨主席的陳水扁宣佈辭去民進黨主席職務，為敗選下臺。 同年春節所發表之演講，表示要考慮廢除已束之高閣六年的國統綱領和國統會，並在推動以中華民國名義加入聯合國多年仍然失敗後，改以臺灣的名義加入。 忠信街9號成交 但在國際上，廢除國統綱領和國統會違背了他「四不一沒有」承諾中的「一沒有」條項，遭到泛藍人士的猛烈抨擊。 陳水扁總統於2000年5月20日總統就職演說中提出「四不一沒有」的承諾，暫時在一定程度上緩和中國大陸對他的疑慮，當時中華人民共和國國務院總理朱鎔基回應「四不一沒有」，大陸將對陳水扁「聽其言、觀其行」。 起因2006年1月17日，謝長廷以總預算案覆議未獲在野黨支持為由向總統請辭，陳水扁批准其辭呈。
2019年11月，一邊一國行動黨公佈2020年中華民國立法委員選舉不分區立委，陳水扁列為第6順位；中央選舉委員會表示依《選罷法》刑期未執行結束前不得登記為候選人，且曾犯貪污罪定讞者亦不得登記。 2014年12月9日，官田部分民眾與部分民進黨黨員呼籲釋放陳水扁，其母更稱自己年歲已高，盼能早日望得子歸。 2015年1月將戶籍從臺北市遷到高雄市鼓山區，截至2017年10月仍居於高雄人文首璽。 4月5日，政府核准其暫時出獄以進行保外就醫一個月，但禁止其從事政治活動。 忠信街9號成交 2月4日，法務部矯正署依《監獄行刑法》「在監不能為適當醫治」規定，參考基準第五點「病情複雜，難以控制，隨時有致死之危險」狀況，核准延長保外就醫至5月5日。 2月11日，高雄大寮監獄受刑人鄭立德等6人搶槍挾獄方持人員（典獄長、戒護科、獄警與替代役；即2015年高雄監獄挾持事件），並要求矯正署長在電視上念出他們的5項訴求，第1項訴求即認為「陳水扁裝病可以保外就醫，那就比照辦理一視同仁」，不過後來六人飲彈自殺。
任內中華民國和馬其頓、諾魯、賴比瑞亞、多米尼克、格瑞那達、塞內加爾、查德、哥斯大黎加、馬拉威九國終止外交關係，不過，任內亦恢復和吉里巴斯、諾魯、聖露西亞三國的外交關係。 2002年陳水扁提出「一邊一國」論，強調臺灣人民民主選舉所產生的政治實體為一主權獨立的國家，中國大陸對陳水扁提出的宣示強烈抗議，經過一系列統獨議題的操作，終止「國統綱領」。 忠信街9號成交 2003年以「方便與中華人民共和國護照區分」為由，於中華民國護照封面加註「TAIWAN」。