虽然大多数被声称的功效仍欠缺充足的证据，但也几乎没有副作用的报道。 维持肠道正常功能，缓解乳糖不耐受症状，促进消化吸收，增强人体免疫力，预防癌症和抑制肿瘤的生长，缓解过敏反应，降低血清胆固醇，益生菌对肥胖的作用，益生菌对糖尿病的作用，益生菌对脑及行为作用等等。 NIH形容這項計畫在科學史上，是繼人類基因組計畫之後的另一座里程碑。
最常存在于口腔、牙菌斑中，与牙周病、急性坏死性牙龈炎、溃疡性结肠炎和克罗恩病有关。 对于扁桃体炎，疱疹性口炎，儿童营养不良，免疫缺陷病，可能会发生梭菌病，扁桃体，口腔粘膜的坏死性炎症过程。 共生菌 致病梭杆菌在生物膜（特别是软组织）中粘附革兰氏阴性和革兰氏阳性菌斑微生物的卓越能力使其成为一种高度侵入性的病原体。 在血琼脂上，梭杆菌会形成圆形或不规则的针状菌落，一些物种，如具核梭杆菌，在孵化 3 至 5 天后会形成伞形“煎蛋”菌落。
共生菌: 皮膚是無菌的嗎？無菌真的好嗎？
事實上，當人類基因組計畫完成時，科學家有些失望，因為人類居然只有兩萬多個基因，和果蠅差不多，遠少於原先預測的10萬個基因。 可是與人體共生的腸道菌，基因總數卻多達330萬個，是人類基因數目的150倍。 Mycorrhiza)、担子菌类及少数子囊菌形成的外生菌根、以及与兰科、杜鹃科植物共生的其他内生菌根和由另一些真菌形成的外-内生菌根等。 与农业生产关系密切的是AM菌根真菌，它是土壤共生真菌中分布最广泛的一类真菌，至少可以与200个科的20万个种以上的植物行共生生活。 AM菌根对宿主的有益功能AM菌根侵染到宿主根部形成椭圆形泡囊，还将菌丝伸延到土壤中去，从而扩大了吸收面，帮助宿主吸收磷、钾、硫、钙、锌、铁、铜等营养元素及水分，使宿主的产量增加和品种提高。 最近又发现AM菌根对重金属的”解毒”功能及其他抗逆作用。 活菌药物主要是活性菌，同时也含有死菌及其代谢产物。
在强化化疗后患有恶性肿瘤（白血病和淋巴瘤）的血液病患者中，发生了具核梭杆菌菌血症。 Necrophorum等梭杆菌属引起的其他菌血症更有利，后者通常会导致 Lemierre 综合征。 Necrophorum的其他并发症包括脑膜炎，并发脑静脉血栓形成， 以及泌尿生殖道和胃肠道感染。 共生菌 在一项对 12 名感染患者的研究中，58% 的患者发展为 Lemierre 或 Lemierre 样综合征。 该综合征以颈内静脉脓毒性血栓性静脉炎或血栓形成为特征，可在肺部或其他无菌部位引起脓毒性栓塞性病变。
共生菌: 折叠 编辑本段 基因研究
菌根是普遍存在于植物根系和土壤真菌之间的互惠共生体。 通过这两个共生伙伴之间亲密的细胞接触，菌根真菌从进行光合作用的寄主那里获得固定的碳，以交换磷和氮等矿物质营养，这对植物生长有积极影响。 共生对寄主植物的有益影响还包括提高了其对生物和非生物胁迫的耐受性。 此外，菌根在自然和农业环境中提供多种生态系统服务。 菌根真菌是土壤中碳封存和颗粒聚集的已知驱动者，对微生物和植物群落的组成有重大影响。 基于这些原因，菌根被认为塑造了自植物陆地化以来的生物圈进化，并且在当前日益增长的环境关注的背景下，它们是生态系统功能的重要角色。 美国微生物学会曾组织了一个益生菌研讨会，会议总结明确指出：“迄今为止，绝大多数益生菌在人体中的使用对于疾病处理而言都是预防和支持性的，而不是治疗性的”。
由于发现相互矛盾，治疗IBD的抗生素使用仍然受到限制，但是使用鸡尾酒疗法辅以光谱抗生素的研究表明，它们在严重急性结肠炎和慢性溃疡性结肠炎的情况下可能有效。 随机对照试验的分析还表明，抗生素在克罗恩病和溃疡性结肠炎治疗中的益处。 但是，由于无法选择性地消除致病细菌而不潜在地影响有益微生物，因此限制了抗生素修饰微生物的使用，这可能导致意外的不良后果。 将来，一旦确定了引起IBD的微生物的代谢途径，就有可能用新一代抗生素专门针对它们。 共生菌 共生菌 尽管没有一致地确定病原体或病原体是引起IBD的原因，但多种证据支持微生物群在驱动肠道炎症中的重要作用。 共生菌 例如，粪便分流可减少或消除回肠节段性回肠炎的炎症。
在这种情况下，菌根真菌可以作为所谓微生物革命的驱动者；即开发可持续的、以微生物为基础的工具，以提高植物健康和生产力。 比較知名的如黏蛋白菌（Akkermansia muciniphila），除了能利用膳食纖維產生對人體有益的短鏈脂肪酸外，還能透過其膜蛋白的作用改善宿主腸道屏障，藉此改善代謝疾病，是目前最有名的次世代益生菌。 在 1980 年代中期，一些的血清研究表明，某些钙质材料不会杀死细菌，而是“降低”它们的复制率，而流行的抗菌剂在几毫秒内杀死一切，包括健康的细胞和细菌。 在那项研究中，根据对口腔组织钙治疗的多年临床观察，消除细菌需要十个小时。 最后，源自患者的类器官模型表明，增加的具核梭菌水平与改善对 PD-L1 阻断的治疗反应相关。
細菌的營養方式有自養及異養，其中異養的腐生細菌是生態系統中重要的分解者，使碳循環能順利進行。 部分細菌會進行固氮作用，使氮元素得以轉換為生物能利用的形式。 一方面，細菌是許多疾病的病原體，包括肺結核、淋病、炭疽病、梅毒、鼠疫、砂眼等疾病都是由細菌所引發。 然而，人類也時常利用細菌，例如乳酪及酸奶和酒釀的製作、部分抗生素的製造、廢水的處理等，都與細菌有關。 此外，也有部分種類分布在極端的環境中，例如溫泉，甚至是放射性廢棄物中，它們被歸類為嗜極生物，其中最著名的種類之一是海棲熱袍菌，科學家是在義大利的一座海底火山中發現這種細菌的。
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- 這些微生物99%住在腸道中，近五年的研究逐漸顯示，腸道微生物與身體各項重要機能密切相關，以至於科學家在震撼之餘，才會發出大哉問：到底誰在當家？
- 本文概述了支持菌根建立的植物和真菌策略共同特征（图3）。
- 针对AM植物的研究表明，建立共生需要一组核心基因，而这种植物共生的“工具箱”在植物类群中保存。
- 经工程改造以表达和分泌IL-10的乳酸乳球菌口服给药足以保护小鼠免受DSS和IL-10缺乏引起的结肠炎的侵害。
- 此外，许多这些研究已经确定，肿瘤内有具核梭杆菌的存在与较差的生存率有关 。