隨新信號系統啟用，東鐵正安排以9卡新列車及傳統12卡列車混行，未有再提原來半年內完成悉數更換成9卡列車的目標。 9卡列車更接連出現問題，本月颱風襲港期間，多部列車曾出現故障，至今仍未完成更換列車。 港鐵原訂去年更換東鐵新信號系統及引入新的9卡列車，但被《香港01》揭發新信號系統出現「帶錯路」，會導致列車「入錯線」等問題，去年10月臨門一腳叫停轉用新信號系統，至今年2月6日起才轉用。 屯馬線於今年6月全線通車，惟同屬沙中線工程的東鐵線過海段，正式通車日期一再延後，由最初工程上馬時計劃在2019年啟用，延至明年2022年首季通車。 港鐵今日（22日）宣布，東鐵過海段工程再度延誤，與港府商討後，沙中線過海段將於明年6至7月通車。
2017年12月起，車站大堂的其中一台自動售票機開始提供支付寶（包括內地版支付寶及支付寶HK）以及微信支付購票服務。 過去，兩鐵合併前的地鐵公司在有限工程撥款亦能按計劃完工通車。 但興建沙中綫多年，港鐵已多次以工程遇上複雜地質和地底管線狀況為由要求追加撥款，有議員質疑港鐵未有做好勘測工作。
羅湖直達金鐘: 大堂
東鐵綫過海段於2022年5月15日正式通車後，有乘客雖然認同較以往方便，但同時擔心目前9卡車難以應付客量，變得更擠逼，可能要「企足全程」。 而過海段通車後的首個工作日，有乘客指站內人流有明顯增加，乘客須等候2至3班車才能登車。 其中於當日下午繁忙時間，金鐘站有超過70名乘客為求有座位坐，寧願支付頭等車費乘坐頭等車廂。 而有線新聞在上班繁忙時間進行實測，發現過海段通車和全部都是9卡車後，車廂內更擠迫。 特別是列車到旺角東之後，仍然有大量乘客需要企，與以往可以坐形成強烈對比。 2014年9月，香港政府發表《鐵路發展策略2014》，當中包括把將軍澳綫延伸至添馬站，而銅鑼灣北站將會成為該線的其中一個中途站。
- 通關後經港鐵落馬洲站即日來回深圳，乘客回程時拍一拍「港鐵特惠站」，即享6元優惠。
- 兩鐵合併後，港鐵公司仍沿用這個方案，故紅磡站將會成為東西走廊和南北走廊兩條鐵路線的轉車站。
- 本地段車站會獲分配若干數量的羅湖站車票，前往羅湖的乘客必須先在各站售票處排隊購票或利用八達通拍一拍「往羅湖核准機」，方可取得前往羅湖站的配額。
- 不過亦有專業人士認為，單憑這幾張圖片難以猜測是否真有人用廢料填充牆身。
九鐵公司最初的方案是沒有打算在銅鑼灣設站的，過海後的東鐵將會直接與地鐵金鐘站交匯。 但考慮到選乘東鐵的人，不一定是到金鐘及中環等地區上班，九鐵公司遂考慮在購物熱點的銅鑼灣設銅鑼灣北站。 此方案獲得銅鑼灣一帶的商戶普遍支持，因為此舉可讓來自中國大陸的旅客（尤其是個人遊旅客）能從羅湖邊境乘坐東鐵直接到達銅鑼灣，有助進一步帶旺本已十分興旺的銅鑼灣商戶生意。 但另一方面，由於此建議須採明挖隨填施工法，告士打道需封閉達五年；而附近的遊艇會、警察俱樂部、油站及垃圾站都要搬離，十分擾民。
羅湖直達金鐘: 東鐵綫過海段料明年6至7月通車 羅湖可直達金鐘
2018年3月中，《東方日報》揭發紅磡世界殯儀館對出的隧道自2017年8月已出現滲水問題，工程人員用近半年時間作補救措施，但成效欠佳。 港鐵到2018年2月發現隧道的接駁工程出問題，需鑿開其中一個駁口石屎表面調查，發現內部的鋼筋疑未有完全接駁好和未有灌滿石屎。 羅湖直達金鐘 其後重新施工，需臨時拆除一段長約10米的路軌和三處有同類問題的石屎，並重造駁口。 羅湖直達金鐘 政府將會全資興建造價達374億港元的沙中綫，然而港鐵公司將會以918億港元取得鐵路項目服務的專營權，港鐵公司約有10%的營運收益。 雖然沙中綫不獲批准物業發展權補貼，但是政府將沙中綫和觀塘綫延綫的轉車站，即何文田站的前山谷道邨地皮交予港鐵公司發展，作為觀塘綫延綫22億港元資金差額補貼。
- 羅湖站現時設有1個側式月台（1號月台）以及一組位於中央的港灣式月台（2－4號月台）。
- 但興建沙中綫多年，港鐵已多次以工程遇上複雜地質和地底管線狀況為由要求追加撥款，有議員質疑港鐵未有做好勘測工作。
- 港鐵早前回覆《香港01》時指，個別列車的附屬供電系統在非常潮濕及不穩定的天氣下，令部份車廂的電力保護系統亦被啟動所致。
- 在1980年代末，九廣鐵路曾有興建過海鐵路的計劃，由九龍站延長，以地底隧道方式經何文田站及黃埔站，過海到達香港島的炮台山站，並有可能伸延至跑馬地，會展及中環，為當時的「第三條過海鐵路」計劃，預計在1998年前落成。
- 環境運輸及工務局發言人後來指出，政府仍在研究沙田至中環綫分段興建的可能性，故先興建大圍站至紅磡站一段不能排除。
- 1993年的《香港鐵路發展研究》中，東九龍綫由原有過海性質改以中型鐵路連接機場鐵路九龍站，並接駁當時倡議中的尖沙咀支線、馬鞍山鐵路（現稱馬鞍山綫），形成東部走廊。
- 到工程造假醜聞鬧大，隨著更多爆料曝光，港鐵才承認有「剪鋼筋」事件，但一直只以以「唧牙膏」式披露工程不合格記錄詳情，又聲稱未有為部分工序保留書面記錄，一直避答記者問題，都對公眾感覺港鐵的管治崩壞。
根據九鐵公司原來的方案，紅磡站將會再度擴建，成為一個集體運輸中心。 由於方案提出當時，東鐵綫（當時稱東鐵）仍以紅磡為終點站，西鐵綫（當時稱西鐵）亦會透過九龍南綫的興建以紅磡站為終點站，再加上沙田至中環綫的匯合，將會使紅磡站需要處理的客量大量增加，不能符合成本效益。 對於港鐵在報章刊登廣告，稱有人單方提控揣測會影響公眾對鐵路基建的信心，最初揭發事件的工程分判商中科興業董事總經理潘焯鴻批評港鐵浪費金錢，「玻璃心」且「小家」，強調中科聲明都是建基於事實，並非危言聳聽，認為港鐵要檢討監管工程制度。 羅湖直達金鐘 潘又表示，若立法會傳召他到場交代事件他定會出席，惟希望有《立法會（權力及特權）條例》保障，方可「講得舒暢」；潘又不點名批評工程承建商禮頓「連政府都不怕」，是「香港建築界的毒瘤」。
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另外，當部分東鐵綫的港鐵列車在羅湖站清客後，便會暫停服務，返回何東樓車廠或前往羅湖編組站／上水屠房停泊。 羅湖直達金鐘 屆時有關列車廣播會在進站前提醒所有乘客下車，列車抵站後只打開島式月台一端那邊的車門，並不會打開側式月台一端的車門。 同時，由於此月台佈局的緣故，入境側車站大堂設有兩條通道分別通往1、4號月台，月台通道前設置閘門以控制人流。
由於受到香港島的地理環境所限，香港島的車站不能建得太長；延綫完成後會由現時東鐵綫的12卡列車縮减為9卡車行走（仍然繼續保留頭等車卡並將設有Wi-Fi服務），並將全數改用新購置的韓製列車（R-Stock）行走，取代現時東鐵綫使用的列車。 根據港鐵向古物古蹟辦事處提交的中期報告指出，共發現239個遺迹，包括房屋建築、灰坑、井、墓葬遺迹等。 出土文物中，有1,000多箱是普通器物，3,700件屬重要器物，包括大量陶瓷、錢幣、鐵塊等。
羅湖直達金鐘: 工程爭議
延長東鐵線到港島意義重大，等於打通香港南北的「任督二脈」，由最北部的羅湖直達灣仔會展中心，終點金鐘站更是政府總部所在地。 旅客不必出閘，就可以前往其他四個鐵路線或經由巴士線至港島其他目的地，真正是四通八達、方便快捷。 造價逾六百億、令東鐵線伸延至港島的沙中線，全長十七公里，大圍至紅磡段預計二○一八年通車，紅磡至金鐘段則二○二○年落成。
不過九鐵並沒有因此而放棄顧及黃埔花園的利益，九鐵建議黃埔與慈雲山一樣，改為興建地下自動輕便運輸系統連接紅磡站。 初步建議該系統將會類似香港國際機場的乘客捷運系統一樣，以無人駕駛模式運行。 2022年5月，《明報》跟隨視障人士進行實測，發現會展站、金鐘站及紅磡站扶手電梯的發聲提示器裝在「右方」，並非視障關注團體與港鐵於2021年9月開會後同意統一的「左方」。 視障關注團體亦表示收到數名視障者被提示聲誤導而撞到障礙物受傷，包括鑽石山站和宋皇臺站。 港鐵承認2021年通車前曾與視障人士團體溝通，又指屯馬線及東鐵線車站均於多年前設計，表示更新標準及陸續調高音量。 社福界立法會議員狄志遠批評港鐵對殘疾人士意見「沒放上心」，指出車站多年前設計的解釋不成立，明顯出現疏忽。
羅湖直達金鐘: 羅湖配額制
直至2023年1月8日，中國大陸與香港恢復免隔離通關，但因初期人員控制與核酸查驗需要，首批開放口岸中不包括羅湖口岸，車站並沒有在1月8日隨通關同步啟用。 羅湖直達金鐘 而同年2月3日，國務院港澳辦發文指由同月6日起，內地毗鄰香港口岸全面開放，全面恢復內地與港澳人員往來，取消經粵港陸路口岸出入境預約通關安排，不設通關人員限額。 因此，羅湖口岸與羅湖站於該日起恢復對陸港跨境旅客的服務。 九鐵公司曾經研究安裝月台閘門（兩鐵合併後由港鐵公司繼續研究），以減輕乘客墜軌的風險。 但是部分車站月台彎度及空隙較大，乘客可能因為月台閘門關閉後被困於閘門與月台邊緣之間的空間，以致有誤墮縫隙而跌入路軌的可能性。
魏指，該段新建軌道全長六公里，與舊軌道並排，施工時會用圍板分隔及主要於晚間動工。 16個民間交通關注組織組成聯席，在2022年5月初訪問了1804名九龍城及黃大仙居民，結果顯示逾八成受訪者不認同靠東鐵線過海段改善當區過海交通，會如常乘搭巴士或渡輪過海上班或上學。 調查亦顯示1050名受訪者（約58%）認為運輸署的調整巴士班次計劃在過海段通車前不足兩星期前才公布，認為是沒有了解當區居民對過海的交通需求，而社區亦缺乏討論。 而巴士服務方面需設更多特快點對點接駁，可直接來往住宅區與港鐵站。 長期以來，位於紅磡的黃埔居民，飽受交通不便之苦，居民曾多次向政府爭取興建鐵路連接。
羅湖直達金鐘: 全面通關翌日 截至下午4時約15.8萬人次出入境
隨著偷工減料醜聞愈演愈烈，沙中綫的通車日期或會存在變數，特別是紅磡站新建月台鬧出剪短鋼筋風波，最壞情況或須拆毀原本即將完工的月台，重新再做。 叧外，由政府牽頭組成的調查委員會，商業電台以2015年「鉛水事件」作例，當時該調查委員會開支逾4300萬元，調查沙中綫的開支應該不菲。 2016年8月，有投訴人向傳媒揭發啟德河河水自2016年6月起，被泥水染黃。 環保署其後突擊巡查發現，啟德站工程地盤的泥水未經處理便排放至啟德河，違反《水污染管制條例》，會考慮檢控承建商。 2009年5月21日，香港多份報章報導港鐵新修訂之建議方案，除加入早已拍板的顯徑站外，亦修改土瓜灣一帶走綫由土瓜灣道改走馬頭圍道。
雖然市民普遍認為地鐵志在必得，可是九鐵再以延伸馬鞍山鐵路為理由，向香港地鐵作出正面競爭。 1967年9月，英國的費爾文霍士顧問工程公司發表了《香港集體運輸研究》，提議香港興建地底集體運輸城市軌道交通系統，其中一條稱為沙田綫，由火炭經慈雲山及九龍城區，並以尖沙咀作為南面的終點站。 預計沙田至中環綫於2021年，每日的乘客量可以高達110萬人次，平均每年節省的交通消耗時間為8,500萬小時。 此項目在2020年會帶來44億港元的直接經濟效益，創造16,000個職位，有助推動香港的整體發展。
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2012年4月18日，立法會工務小組委員會通過沙中線主體工程的714億港元的撥款，連同早前通過的84億港元，整項工程費用為798億港元。 造價上漲主要是因為通貨膨脹所導致，工程價格上升了47%。 至於餘下的主體工程建造費用──573億港元〈整項建造計劃預算為649億港元〉，於2012年5月11日，獲得立法會財務委員會通過。 2012年6月22日，沙田至中環綫工程動工，整項工程施行期間可以創造約1萬5千個就業崗位。
