本路線投入服務後，亦令原有於2003年3月接辦馬灣街渡的營辦商支撐不住，於2005年5月正式停辦馬灣街渡，馬灣西部四十多年靠街渡出入的歷史正式劃上句號。 馬灣路為二十四小時限制車輛區域，車輛包括私家車及旅遊巴士如沒有獲得運輸署發出之禁區許可證將不可駛入。 削減渡輪班次不成，珀麗灣客運轉而於2018年10月19日去信珀麗灣業主委員會，要求調整4條邨巴路線票價，居民收費平均加幅18.4%、訪客平均加幅21.5%，進一步引起爭議。
事後，珀麗灣客運於4月25日發出通告，規定由5月1日起所有嬰兒手推車必須摺合才能登車。 其後，珀麗灣客運指出仍然需要與各個持分者達成共識，繼續暫緩執行有關規定。 在轉車途中請勿使用八達通乘搭其他非指定巴士路線或其他交通工具，否則不能享有轉車優惠；惟以該八達通卡進行與乘車無關的交易， 如增值、購買汽水、使用公共電話、即影即有照片不多於九次則不受影響。 已獲珀麗灣客運認可其身份的住戶，使用已登記八達通卡繳付車資，可享用$23居民車費（小童及長者則為$11.5）。 據當年協定，新鴻基是唯一可經營珀麗灣巴士服務的公司，Shirley希望運輸署可加強監管，但不想引入其他經營者。 她說：「提供交通服務是一個承諾，不可以因為做得差，就不用他們做。」倫先生指，不可由整個香港替他們「埋單」。
珀麗灣巴士: 方舟專線服務
同年3月及8月先後接收4輛來自皇巴士的猛獅NL323，取代原有的高地台客車，亦令本組路線全線低地台化。 因歐盟三期柴油商業車輛於2020年7月1日開始不能再續牌，本組路線的Dennis Trident 12米於同年12月31日起正式退役。 珀麗灣客運有限公司（Park Island Transport Company Limited，簡稱「珀客」、「PITCL」），是香港一間非專營巴士及持牌渡輪營辦商，為馬灣島上主要的公共交通營辦商，提供對外居民巴士及渡輪服務予馬灣島民，客運營業證編號為11288A。 NR331線屬馬灣居民巴士服務，主要方便馬灣村村民前往荃灣市中心，同時接載前往挪亞方舟及馬灣公園的遊客。 在芸芸馬灣居民巴士路線當中，僅NR331與NR331S線獲准使用雙層巴士，同時為全港僅有兩條採用高地台旅遊巴士及雙層巴士混合行走的居民巴士路線，惟現時高地台旅遊巴只屬特見。
後來珀客在居民反對下讓步，提出機場線只保留早上及黃昏繁忙時段各6班車，通宵中環線維持取消決定。 珀麗灣客運有限公司（珀客）向《香港01》回覆指，向珀麗灣業主委員會提出的票價調整方案，建議旗下4條巴士路線調整票價，目標只是達至經營收支平衡。 10月19日致珀麗灣業主委員會的函件中指出，在10月8日珀客與珀麗灣業主委員會及運輸署的會議上，運輸署代表提出，可考慮以過去七年累積甲類消費物價指數，作為釐定加幅的參考。 珀客根據政府統計處資料計算，2011年7月至今，香港甲類消費物價指數累積升幅為27.1%，於是以此作為是次票價加幅建議的其中一個（非唯一）參考指標。 因此當青馬大橋封閉橋面時，九巴會提供Y41線服務，使用經運輸署特別准許在封閉橋面期間仍可以在橋面行駛的Dennis Dart（AA）(已退役)、Scania K230UB（ASB/ASC）、Volvo B7RLE（AVC），以夥伴形式與本線一起疏導返回珀麗灣的居民。 由於本線是來往馬灣及最接近的港鐵站，繁忙時間不時出現人龍等待本線，為了應付需求，陽光巴士會派出富豪B7R旅遊巴士支援本線（收費相同但不設企位），因此本線繁忙時間的班次較官方公佈的班次為密。
珀麗灣巴士: 中環2號碼頭
本路線提供馬灣珀麗灣、田寮新村、沙灘廣場往來港鐵青衣站的巴士服務，於2002年12月9日起投入服務，為珀麗灣首條巴士路線，也是馬灣島上首條陸上公共交通工具路線，以方便珀麗灣居民轉乘港鐵東涌線或其他公共交通工具往來市區，或港鐵機場快線往來機場。 初時由於珀麗灣禁止的士駛入，巴士為當時唯一可直入珀麗灣的陸上公共交通工具，其後運輸署逐步開放的士駛入時段，2012年12月14日起因珀麗灣至荃灣渡輪停辦，市區的士當日起可全日駛入馬灣接載乘客，才結束巴士在馬灣的壟斷，但本路線擁有班次頻密及收費較便宜的優勢，客量仍然相當不俗。 初時本路線為廿四小時服務，由2021年5月1日起，本路線深宵班次與NR332線合併，後者往葵芳方向繞經青衣站，另外增設深宵單向特別班次，由青衣站開往珀麗灣。 由於本路線來往馬灣至最接近的港鐵站，繁忙時間不時出現人龍，為了應付需求，陽光巴士會派出富豪B7R旅遊巴士支援本路線（收費相同但不設企位，編號為NR330A），因此本路線繁忙時間的班次會較官方公佈的班次為密。 珀麗灣巴士 此外，在熱帶氣旋逼近本港期間，青馬大橋在強風下禁止高於1.6米的車輛行駛上層橋面。
- 當每小時平均風速超過65公里，青馬大橋所屬的青馬管制區會實施強風交通管理，禁止高度超過1.6米的車輛行駛上層橋面；九巴會安排單層巴士行走臨時路線Y41，使用經運輸署特別准許在上層橋面封閉時，仍可行駛的三款單層巴士，聯同NR330線疏導返回珀麗灣的居民。
- 〈【居民巴士系列】營辦商月付六萬元予鄉委會 馬灣人擔心轉嫁乘客〉，《香港01》，2019年1月29日。
- 陽光巴士接辦此組路線時，用車為4輛單層巴士，其中2部是猛獅NL323，來自皇巴士，另有兩部為富豪B7R及猛獅RR8旅遊客車，其後再加入3部大宇BH117L取代一部猛獅RR8用車。
- 現時用車為配Marcopolo Audace 1050車身的斯堪尼亞K320IB、河源銀龍車身的富豪B7R、以及MTrans MM10車身的猛獅A91單層客車等。
- 首部Wright StreetDeck於2021年3月24日投入服務。
- 由珀麗灣開往青衣鐵路站途經：珀麗路，珀林路，馬灣路，青嶼幹線，青衣西北交匯處，青衣北岸公路，擔杆山交匯處及青敬路。
- 有鑑於此，珀麗灣客運在2000年6月2日註冊成立，是九龍巴士控股有限公司（其後改組為載通國際）及港九小輪有限公司旗下聯營附屬公司，前者佔有65%權益；翌年5月23日，新地旗下全資附屬公司 Sun Hung Kai Tansport Ltd 委任珀客為馬灣島提供巴士及渡輪服務。
尤其馬灣的陸路交通不穩，易遇擠塞或大風封橋，當年定立協議時，政府也因此特意訂明以水路交通為重。 餐廳坐擁逾180度的全海景，將馬灣沙灘盡收眼底，不遠處的青馬大橋及汀九橋的優美景致震懾迷人。 在日落時份，可以觀賞到夕陽落於青馬大橋，並沒入東灣沙灘的旖旎風光；於傍晚時份，則可觀賞到華燈初上，青馬大橋下燈光璀燦的浪漫夜景。 例如光影互動展館以大自然為主題，劃分成森林、海洋、四季和未來城市四個展區，透過嶄新的光、影、音技術，探索和體驗大自然生態獨特的美，建構夢想的未來星球。 珀麗灣巴士 另外，方舟博覽館透過180度環迴影院，以極珍貴動物和昆蟲組成幻彩生命廊，解開大自然的奧秘。
珀麗灣巴士: 途經街道
收費（只接受八達通，大小同價）居民訪客全程收費$9.2$13.5沙灘廣場往返珀麗灣總站$2.0收費備註乘客登車時須以八達通卡繳付車資，不接受現金繳費。 收費（只接受八達通，大小同價）居民訪客全程收費$8.0$12.8沙灘廣場往返珀麗灣總站$2.0收費備註乘客登車時須以八達通卡繳付車資，不接受現金繳費。 珀客早前向馬灣居民發出通知，指由於經營環境惡化，需要調整票價，當中共有四條路線，包括NR330（珀麗灣至青衣）、NR332（珀麗灣至葵芳）、NR334（珀麗灣至機場）及NR338（珀麗灣至中環），加幅由13.8%至22.7％不等，更直指加價幅度，是根據運輸署建議。 珀麗灣客運轄下的六條線路均設有居民價及非居民價，兩者相差$2.5 至$3.5 不等。 以來往馬灣及港鐵荃灣西站為例，居民價（八達通付錢）為$9.1，以非居民價為12.6，相差$3.5。
珀麗灣客運曾於2003年引進3輛由紐西蘭製造的Designline Olymbus MKII電動巴士（車牌號碼KZ1269、LG517、LG1503），並多次行走此路線，惟這批巴士現已全數退役。 鐘女士指，自己當初會購入柏麗灣單位，原因之一是發展商承諾會提供到中環的客船，對於發展商企圖取消通宵船，她感到工作上有很大壓力，亦感到憤怒。 珀客削班引起居民不滿，珀麗灣業主委員會今日（22日）召開記者會，抗議珀客母公司新鴻基地產並無遵守賣樓承諾，要求承諾保留更多班次，和承諾於疫情後回復正常班次。 其實珀客咁唔想做，應該交番個牌照畀其他公司做，始終好多居民都已經因為服務質素漸漸下降而唔鍾意佢 …
珀麗灣巴士: 挪亞方舟主題公園
珀麗灣業主委員會副主席黃杏雲批評發展商違背當年的承諾，包括至今仍未興建馬灣公園二期，規劃失當的責任不應由居民承擔。 7月20日，運輸署宣佈經考慮乘客人次、需求和調整班次的影響後，決定否決珀客的削班申請。 2018年11月下旬，馬灣鄉事委員會就NR331及NR331S線的2019年至2022年的營運合約招標，並將於2019年1月31日截標。 招標文件列明「協議書內容需於合約期內支付行政費給馬灣鄉事會，每月不少於港幣六萬元」，並在附件提供表格，讓投標者自行填寫行政費金額，被地區人士及區議會質疑是入線費。 珀麗灣巴士 時任馬灣鄉事委員會主席陳祟業表示行政費於鄉事委員會贊助或舉辦一系列居民活動，包括：天后誕、長者宴等，惠及區內民居，強調除考慮行政費金額多少以外，更會考慮營辦商在青馬大橋封橋時的應對方法，以及居民優惠等。
由確認收到填妥的申請表計起，港鐵處理「殘疾人士身分」個人八達通的申請一般需時四至六星期，處理啟動/延續個人八達通上「殘疾人士身分」的申請需時兩星期。 上述合資格殘疾人士如因任何原因沒有收到社署寄出的已核實申請人資格的「殘疾人士身分」個人八達通申請表，可向所屬的社會保障辦事處補領，他們亦可直接到港鐵客務中心@索取申請表。 由本路線往荃灣方向於上車後一小時內轉乘上述路線，或由上述路線於上車後兩小時內轉乘本路線往馬灣方向，第二程可獲 $4.00 的折扣優惠。 珀麗灣客運在2012年末起，曾替旗下車輛編配車隊編號並張貼於各車車身，編碼格式與張貼形式皆與港鐵巴士部相仿；有關車隊編號於次年陸續撤銷，但現時部份車輛車內仍貼有車隊編號貼紙。 於2003年開辦；經營四年後，該公司決定由2007年9月15日起放棄營辦。
珀麗灣巴士: 車輛數目
替代线路珀麗灣居民渡輪（珀麗灣 中環二號碼頭）珀麗灣居民巴士NR338線是香港一條深宵居民巴士路線，來往珀麗灣及中環（二號碼頭），由珀麗灣客運經營，提供馬灣（珀麗灣）來往中環的深宵居民巴士服務。 珀麗灣巴士 署方重申據政府與發展商的協議，發展商有責任提供妥善的渡輪服務和巴士服務。 至於珀麗灣巴士，受《道路交通條例》（香港法例第374章）及其附屬法例規管，一般由居民代表及營辦商自行協商，如珀客欲調整居民巴士服務，須先獲得業委會支持，促請珀客與業委會繼續溝通。 最近珀客向運輸署申請減少平日上午10時至下午3時半期間來往中環的12班渡輪，並削減2條巴士線班次，包括通宵的青衣線，及機場日間的14班班次，另外青衣、葵芳、機場、中環巴士線均會加價，最高加幅達25%，其餘增加逾10%。 居民曾發起千人集會反對，但翌日巴士隨即疑似削班，被居民質疑是報復。
- 2014年6月27日：早上九時許，一輛往機場（二號客運大樓）方向的丹尼士飛鏢（201／MW3441）在青馬大橋往青衣方向的支路行駛期間，車尾突然起火，事件中無人受傷。
- 本線營辦商亦按街渡做法，向馬灣鄉事委員會支付行政費，以2019至2022年標書要求，金額為每月不低於六萬元。
- 根據協議，珀客委聘陽光提供及營運穿梭巴士服務，往返珀麗灣及港鐵青衣站，以及雙方協定以馬灣為起點的其他路線，有關服務須獲運輸署批准。
- 行政費用於鄉委會贊助或舉辦一系列活動，包括天后誕、長者宴等，惠及區內村民。
- 由於本線是來往馬灣及最接近的港鐵站，繁忙時間不時出現人龍等待本線，為了應付需求，陽光巴士會派出富豪B7R旅遊巴士支援本線（收費相同但不設企位），因此本線繁忙時間的班次較官方公佈的班次為密。
雖然東灣碼頭工程已於2009年9月底完竣，但由於深宵時間乘搭渡輪的乘客一向稀少，營運一直虧損，因此維修工程完成後，2009年10月1日起改為永久路線，正式取代深宵渡輪服務。 珀麗灣巴士 2020年，新型冠狀病毒影響香港，導致深宵交通需求減少，客量持續下跌，加上本路線居民巴士牌照於2020年4月30日屆滿，珀麗灣客運決定於牌照期滿後翌日（5月1日）起停辦本路線。 本路線及NR331S線亦是芸芸馬灣居民巴士線當中，僅有兩條可以使用雙層巴士的路線。 本路線使用雙層巴士時，往馬灣方向的的電子路線牌，會加入「挪亞方舟」的官方Logo分頁，以示乘客可以乘搭本路線直達馬灣主要觀光熱點「挪亞方舟」。 珀客以兩條渡輪線乘搭量長期偏低為由，2018年6月提出縮減中環渡輪航線非繁忙時段班次，並削減中環通宵路線及機場線的班次，另外青衣、葵芳、機場、中環路線均會加價，引起荃灣馬灣選區議員譚凱邦與珀麗灣居民強烈不滿，更有人游出海面舉牌抗議。 到7月8日，居民抗議行動升級，在珀麗灣渡輪碼頭出入口一帶舉行集會，約一千人出席。
珀麗灣巴士: 八達通轉乘優惠
事件於2009年10月16日被轉載至多個討論區，引起網民熱烈討論。 2023年1月10日：下午近10時，一輛行走往馬灣（珀欣路）方向的陽光巴士Wrightbus StreetDeck（XH3328），駛至青荃橋往青衣北岸公路方向近青衣城時，與一輛的士相撞，肇事巴士車頭及車門損毀，的士被撞至前後調轉、車尾嚴重毀爛。 根據相關文件，此路線連同其他馬灣居民巴士路線（NR330、NR332、NR334及NR338）於2013年每天平均使用量為23,000人次，整體平均載客率約為80%。
在珀麗灣首期入伙時，珀麗灣客運及珀麗灣發展商新鴻基地產原本計劃開辦直達機場（赤鱲角碼頭）至珀麗灣的渡輪航線，但因機場管理局於2003年12月7日收回赤鱲角碼頭以作改建成跨境渡輪碼頭（機場海天碼頭），原有開辦渡輪的計劃結果告吹，因此改為開辦往來機場的巴士服務以作取代。 為方便遊客前往挪亞方舟及大自然公園，的士及旅遊巴士進入馬灣的限制已於2021年12月18日起放寬：市區的士已可每日早上9時至晚上9時自由進出馬灣珀麗路，並沿珀欣路前往挪亞方舟公園正門及挪亞方舟度假酒店。 旅遊巴士在無需申請許可證下，可進入馬灣的時間已延長至每日早上9時至晚上9時。 根據運輸署在2014年年初進行的調查，居民巴士服務在最繁忙時段（即平日上午7時至10時）的整體載客率平均約為八成。 當中乘客量最多的兩條路線NR330與NR332，平均候車時間則約為5分鐘。
珀麗灣巴士: 港鐵
2020年5月1日：受新型冠狀病毒肺炎疫情影響，客量持續下跌而暫停服務，直至2021年4月30日。 時任荃灣區議員譚凱邦曾就此事與珀麗灣客運協商，巴士公司提出繁忙時間開6班車，但最終無法達成共識。 運輸署服務詳情表顯示此路線為循環線，但在個別車長要求下，除國泰城登車的乘客外，用車抵達機場客運大樓後所有乘客必須落車或重新繳付車資，故屬假循環線。 開辦往返荃灣的居民巴士路線NR331，惠及村民；邨巴營辦商亦按街渡做法，向鄉委會支付行政費，以2019至2022年標書要求，金額為每月六萬元。 青嶼幹線1997年通車，加上地處馬灣東北的珀麗灣2002年底開始入伙，多條居民巴士路線相繼開辦，對街渡航線營運構成沉重壓力。
珀麗灣客運有限公司，〈中環/荃灣渡輪轉乘島內巴士線 NR330 青衣/NR332 葵芳/NR334 機場線優惠〉［乘客通告］。 削減渡輪班次不成，珀麗灣客運轉而於2018年10月19日去信珀麗灣業主委員會，要求調整旗下4條邨巴路線票價，居民收費平均加幅18.4%、訪客平均加幅21.5%，進一步引起爭議。 2019年，馬灣鄉事委員會就NR331、NR331S服務作公開招標，珀麗灣客運沒有投標，最終由陽光巴士投得經營權，並於同年12月15日起接辦兩線。
珀麗灣巴士: 香港島
馬灣鄉委會主席陳祟業表示行政費於鄉委會贊助或舉辦一系列居民活動，包括：天后誕、長者宴等，惠及區內民居，強調除考慮行政費金額多少以外，更會考慮營辦商在青馬大橋封橋時的應對方法，以及居民優惠等。 珀麗灣業主委員會成員倫智偉表示珀麗灣居民也申辦多條居民巴士路線，供整個馬灣區居民，包括鄰近鄉村居民乘搭，但沒有要求收取行政費。 自從來往馬灣及深井的街渡停辦後，居民改為使用此路線前往荃灣，因此客量甚高。 珀麗灣客運經營時期已經常頂閘，陽光巴士接辦後更獲派出雙層巴士行走。 來往馬灣的巴士由新鴻基地產轄下的珀麗灣客運有限公司營運，共有六條巴士線，來往青衣、荃灣、中環及機場等，車費由 $9.5至$24不等。
珀麗灣巴士: 居民巴士NR330線
本路線重投服務後，成為兩條僅有於深宵提供服務的居民巴士路線之一（另一條為愉景灣DB08R線）。 本路線目前是珀麗灣以至整個馬灣島上巴士路線中，唯一設有小童及長者半價的路線。 2022年9月25日起，《長者及合資格殘疾人士公共交通票價優惠計劃》更適用於本路線及所有服務馬灣島上的所有居民巴士路線。
珀麗灣巴士: 居民巴士
因此當青馬大橋封閉橋面時，九巴會提供Y41線服務，使用經運輸署特別准許在封閉橋面期間仍可以在橋面行駛的丹尼士飛鏢（AA，已全數退役）、富豪B7RLE 12米（AVC）及斯堪尼亞K230UB（ASB／ASC），以夥伴形式與本路線一起疏導返回珀麗灣的居民。 隨著珀麗灣居民日漸增多，加上原有營辦商放棄經營，馬灣鄉事委員會將其路線重新招標，結果由珀麗灣客運投得，由2007年9月15日起正式接辦本路線，並延長服務時間。 為方便更多馬灣居民，2008年9月15日起，來回程繞經馬灣鄉事會路及芳園路，將服務範圍擴展至馬灣大街村、田寮新村及珀麗灣三期。 雖然運輸署服務詳情表顯示本路線為循環線，但在任何情況下，用車抵達港鐵荃灣站後所有乘客必須落車，故屬假循環線。 珀麗灣客運有限公司 (珀麗灣客運) 於2002年成立，是新鴻基地產的全資附屬公司。 我們致力提供往來馬灣島之優質巴士及渡輪服務，往返港鐵青衣站，葵芳新都會廣場，香港國際機場的穿梭巴士線服務及往返中環2號碼頭及荃灣的渡輪服務。
珀麗灣巴士: 挪亞方舟主題公園 → 豐盛闊晚餐 → 青馬大橋夜景
當年政府規劃珀麗灣交通服務時，預計水陸交通比例是75%及25%，新鴻基地產發展須提供渡輪服務，以免青嶼幹線負荷過重，亦有責任提供巴士服務。 根據發展商與珀麗灣業主及屋苑管理公司簽訂的公契，發展商有「專有權利」（Sole and exclusive right）在珀麗灣範圍內提供對外巴士及渡輪服務，發展商同時有權委派代理人或承辦商提供上述服務。 由青衣鐵路站開往珀麗灣途經：青敬路，擔杆山交匯處，青衣北岸公路，青衣西北交匯處，青嶼幹線，馬灣路，珀林路及珀麗路。